Цитробактер браакии

Цитробактер браакии

qnrB30

Annotation score:1 out of 5

The annotation score provides a heuristic measure of the annotation content of a UniProtKB entry or proteome. This score cannot be used as a measure of the accuracy of the annotation as we cannot define the ‘correct annotation’ for any given protein.

— Protein predicted i

This indicates the type of evidence that supports the existence of the protein. Note that the ‘protein existence’ evidence does not give information on the accuracy or correctness of the sequence(s) displayed.

Select a section on the left to see content.

This section provides information about the protein and gene name(s) and synonym(s) and about the organism that is the source of the protein sequence.

Names & Taxonomy i

This subsection of the Names and taxonomy section provides an exhaustive list of all names of the protein, from commonly used to obsolete, to allow unambiguous identification of a protein.

Information which has been imported from another database using automatic procedures.

Automatic assertion inferred from database entries i

This subsection of the Names and taxonomy section indicates the name(s) of the gene(s) that code for the protein sequence(s) described in the entry. Four distinct tokens exist: ‘Name’, ‘Synonyms’, ‘Ordered locus names’ and ‘ORF names’.

Automatic assertion inferred from database entries i

This subsection of the Names and taxonomy section indicates if the gene coding for the protein originates from the hydrogenosome, the mitochondrion, the nucleomorph, different plastids or a plasmid. The absence of this section means that the gene is located in one of the main chromosomal element(s).

Automatic assertion inferred from database entries i

This subsection of the Names and taxonomy section provides information on the name(s) of the organism that is the source of the protein sequence.

Automatic assertion inferred from database entries i

This subsection of the Names and taxonomy section shows the unique identifier assigned by the NCBI to the source organism of the protein. This is known as the ‘taxonomic identifier’ or ‘taxid’.

This subsection of the Names and taxonomy section contains the taxonomic hierarchical classification lineage of the source organism. It lists the nodes as they appear top-down in the taxonomic tree, with the more general grouping listed first.

This section provides information on sequence similarities with other proteins and the domain(s) present in a protein.

Family & Domains i

Phylogenomic databases

KEGG Orthology (KO)

Family and domain databases

Integrated resource of protein families, domains and functional sites

Pfam protein domain database

This section displays by default the canonical protein sequence and upon request all isoforms described in the entry. It also includes information pertinent to the sequence(s), including length and molecular weight. The information is filed in different subsections. The current subsections and their content are listed below:

This subsection of the Sequence section indicates if the canonical sequence displayed by default in the entry is complete or not.

Sequence status i : Complete.

The checksum is a form of redundancy check that is calculated from the sequence. It is useful for tracking sequence updates.

It should be noted that while, in theory, two different sequences could have the same checksum value, the likelihood that this would happen is extremely low.

Читайте также:  Как проявляется реагент на тесте на беременность

However UniProtKB may contain entries with identical sequences in case of multiple genes (paralogs).

The checksum is computed as the sequence 64-bit Cyclic Redundancy Check value (CRC64) using the generator polynomial: x 64 + x 4 + x 3 + x + 1. The algorithm is described in the ISO 3309 standard.

Press W.H., Flannery B.P., Teukolsky S.A. and Vetterling W.T.
Cyclic redundancy and other checksums
Numerical recipes in C 2nd ed., pp896-902, Cambridge University Press (1993))

Checksum: i C2A9B2822F341D65

Sequence databases

EMBL nucleotide sequence database

GenBank nucleotide sequence database

DNA Data Bank of Japan; a nucleotide sequence database

Genome annotation databases

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

This section provides links to proteins that are similar to the protein sequence(s) described in this entry at different levels of sequence identity thresholds (100%, 90% and 50%) based on their membership in UniProt Reference Clusters (UniRef).

Similar proteins i

  • 100% Identity
  • 90% Identity
  • 50% Identity

This section is used to point to information related to entries and found in data collections other than UniProtKB.

Sequence databases

3D structure databases

Database of comparative protein structure models

SWISS-MODEL Interactive Workspace

Genome annotation databases

KEGG i ag:ADM52194

Phylogenomic databases

Family and domain databases

ProtoNet; Automatic hierarchical classification of proteins

MobiDB: a database of protein disorder and mobility annotations

This section provides general information on the entry.

Entry information i

This subsection of the ‘Entry information’ section provides a mnemonic identifier for a UniProtKB entry, but it is not a stable identifier. Each reviewed entry is assigned a unique entry name upon integration into UniProtKB/Swiss-Prot.

This subsection of the ‘Entry information’ section provides one or more accession number(s). These are stable identifiers and should be used to cite UniProtKB entries. Upon integration into UniProtKB, each entry is assigned a unique accession number, which is called ‘Primary (citable) accession number’.

This subsection of the ‘Entry information’ section shows the date of integration of the entry into UniProtKB, the date of the last sequence update and the date of the last annotation modification (‘Last modified’). The version number for both the entry and the canonical sequence are also displayed.

This subsection of the ‘Entry information’ section indicates whether the entry has been manually annotated and reviewed by UniProtKB curators or not, in other words, if the entry belongs to the Swiss-Prot section of UniProtKB (reviewed) or to the computer-annotated TrEMBL section (unreviewed).

This section contains any relevant information that doesn’t fit in any other defined sections

UniProtKB Keywords constitute a controlled vocabulary with a hierarchical structure. Keywords summarise the content of a UniProtKB entry and facilitate the search for proteins of interest.

Keywords — Technical term i

Automatic assertion inferred from database entries i

Tools
  • BLAST
  • Align
  • Retrieve/ID mapping
  • Peptide search
Core data
  • Protein knowledgebase (UniProtKB)
  • Sequence clusters (UniRef)
  • Sequence archive (UniParc)
  • Proteomes
Supporting data
  • Literature citations
  • Taxonomy
  • Keywords
  • Subcellular locations
  • Cross-referenced databases
  • Diseases
Information
  • About UniProt
  • Help
  • FAQ
  • UniProtKB manual
  • Technical corner
  • Expert biocuration

UniProt is an ELIXIR core data resource

We’d like to inform you that we have updated our Privacy Notice to comply with Europe’s new General Data Protection Regulation (GDPR) that applies since 25 May 2018.

Читайте также:  Причина механической желтухи при холецистите

Affiliations

  • 1 Department of Infectious Diseases, Respiratory, and Digestive Medicine, Control and Prevention of Infectious Diseases, Faculty of Medicine, University of the Ryukyus, Japan.
  • 2 Department of Infection Control and Prevention, Aichi Medical University Hospital, Japan.
  • 3 Department of Infectious Diseases, Respiratory, and Digestive Medicine, Control and Prevention of Infectious Diseases, Faculty of Medicine, University of the Ryukyus, Japan. Electronic address: f014936@med.u-rukyu.ac.jp.
  • PMID: 27553069
  • DOI: 10.1016/j.jiac.2016.07.003
  • Search in PubMed
  • Search in NLM Catalog
  • Add to Search

Authors

Affiliations

  • 1 Department of Infectious Diseases, Respiratory, and Digestive Medicine, Control and Prevention of Infectious Diseases, Faculty of Medicine, University of the Ryukyus, Japan.
  • 2 Department of Infection Control and Prevention, Aichi Medical University Hospital, Japan.
  • 3 Department of Infectious Diseases, Respiratory, and Digestive Medicine, Control and Prevention of Infectious Diseases, Faculty of Medicine, University of the Ryukyus, Japan. Electronic address: f014936@med.u-rukyu.ac.jp.
  • PMID: 27553069
  • DOI: 10.1016/j.jiac.2016.07.003

Abstract

Among the Citrobacter genus, the most commonly isolated bacteria from human specimens are Citrobacter freundii and Citrobacter koseri, and previous cases of infection due to Citrobacter braakii have been rarely reported. We present a case of bacteremia due to C. braakii in a 38-year-old woman with cervical cancer. She was admitted to our hospital with complaints of a fever, chills, and nausea. Blood culture results showed gram-negative bacilli identified as C. braakii via matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis, although biochemical testing findings were suggestive of C. freundii. Since a rare pathogen was detected in the present case and the results of additional biochemical studies were suggestive of both C. braakii and Citrobacter farmeri, genetic analysis was conducted. Finally, the gram-negative bacilli were confirmed as C. braakii, a member of the C. freundii complex since 1993, by 16S ribosomal RNA gene sequencing analysis. The gastrointestinal tract was considered the portal of entry, because the patient had a rectal fistula and other cultures such as urine and vaginal discharge incubated species other than C. braakii. The patient recovered after receiving treatment with ciprofloxacin for 14 days. The epidemiology and clinical characteristics of C. braakii infection are still unknown because of the limitations in accurate identification by using currently available commercial biochemical testing and previously, only 6 cases of C. braakii infection have been reported. Physicians should focus on this species, because it causes community-acquired infections, although further studies are needed to clarify the clinical characteristics of C. braakii infections.

Keywords: 16S rRNA; Bacteremia; Citrobacter braakii; Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis.

Copyright © 2016 Japanese Society of Chemotherapy and The Japanese Association for Infectious Diseases. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.

Приглашаем в Telegram-канал @Gastroenterology Если лечение не помогает Популярно о болезнях ЖКТ Кислотность
желудка

Цитробактер (лат. Citrobacter) — род грамотрицательных, споронеобразующих, факультативно анаэробных бактерий. Представитель нормальной, условно-патогенной микрофлоры кишечника человека.

Сitrobacter в систематике бактерий

Род цитробактер (Citrobacter) входит в семейство энтеробактерии (Enterobacteriaceae), порядок энтеробактерии (Enterobacteriales), класс гамма-протеобактерии (γ proteobacteria), тип протеобактерии (Proteobacteria), царство бактерии.

Род цитробактер включает в себя:

  • Citrobacter freundii complex в составе видов: Citrobacter braakii, Citrobacter freundii, Citrobacter gillenii, Citrobacter murliniae, Citrobacter sedlakii, Citrobacter werkmanii, Citrobacter youngae
  • а также следующие виды: Citrobacter amalonaticus, Citrobacter bitternis, Citrobacter europaeus, Citrobacter farmeri, Citrobacter intermedius, Citrobacter koseri, Citrobacter pasteurii, Citrobacter rodentium.
Читайте также:  Сильная боль в горле ночью
Сitrobacter — возбудитель заболеваний человека и животных

Цитробактер является одной из самых частых причин внутрибольничных ангиогенных инфекций и инфекций мочевыводящих путей. Цитробактер способен вызывать вспышки гастроэнтеритов и токсикоинфекций, внутрибольничные инфекции, менингиты, абсцессы мозга, урологические заболевания, гнойные инфекции и сепсис у детей и взрослых людей. В регионах России в последние годы периодически происходят массовые отравления, в том числе в детских учреждениях, вызванные цитробактером, основной причиной которых является нарушение технологии приготовления пищи.

Источником инфекции являются люди и животные. Механизм передачи цитробактера — фекально-оральный. Основной путь передачи — пищевой, через молоко, молочные продукты, масло, кондитерские изделия, мясо птиц и животных. У ослабленных детей раннего возраста возможен контактно-бытовой путь заражения через игрушки, предметы ухода, руки персонала.

Цитобактериоз может протекать по типу пищевого отравления в виде гастрита, энтерита или гастроэнтерита. Инкубационный период цитробактериоза от 2 до 5 часов.

Гастрит начинается остро с тошноты, повторной рвоты, боли в эпигастральной области. Температура тела, чаще всего, в пределах от 37–37,5 до 38–38,5 ° С. Симптомы отравления выражены умеренно. Продолжительность — 1–2 дня.

Гастроэнтерит начинается остро с тошноты, повторной рвоты, болей в животе. Стул частый, жидкий, иногда с примесью слизи, до 10 раз в сутки. Боль в животе в первые дни болезни может быть выраженной, локализуется преимущественно в эпигастральной области, при пальпации определяется болезненность по ходу тонкой кишки. Понос, чаще всего, на несколько часов опережает развитие симптомов отравления. Температура тела повышается до 38° С, сохраняется не более 5 дней. Прогноз благоприятный, продолжительность цитробактериоза — от 4 до 6 дней.

Диагноз на цитробактериоз устанавливается после проведения специальных лабораторных исследований.

Цитробактер способен самостоятельно или в ассоциации с другими микробами вызывать заболевания у домашних и диких животных, рыб и пчёл. В современной России имеются прецеденты, когда циторбактер выявляли в фабрично изготовленном комбикорме. Корма, зараженные цитробактером или с подозрением на цитробактер требуют обязательной проварки при температуре не ниже 100° С не менее часа.

На сайте GastroScan.ru в разделе «Литература» имеется подраздел «Микрофлора, микробиоценоз, дисбиоз (дисбактериоз)», содержащий статьи, затрагивающие проблемы микробиоценоза и дисбиоза отделов ЖКТ человека.

Цитробактер в результатах анализа кала на дисбактериоз

При микробиологическом анализе кала цитробактер рассматривается в комплексе с другими условно-патогенными бактериями, относящимися к семейству энтеробактерий и входящими в состав нормальной микрофлоры кишечника человека (кроме цитробактера это клебсиелла, протей, гафния, серратия, морганелла, провиденция, энтеробактер и др). В норме общее количество этих бактерий (колониеобразующих единиц, КОЕ) в 1 г кала должно быть меньше 10 4 . Большее количество перечисленных бактерий является признаком дисбактериоза.

При избыточном росте цитробактера, как следствии дисбактериоза, при медикаментозной терапии применяются различные пробиотки (Бифидумбактерин, Бифиформ, Лактобактерин, Ацилакт, Аципол и др.) и/или адекватные конкретному штамму цитробактера и причине дисбактериоза бактериофаги и антибиотики.

В образцах злокачественных колоректальных новообразований человека концентрация Citrobacter spp. повышена (Marchesi J.R., Dutilh B.E., Hall N. et al. Towards the human colorectal cancer microbiome. PLoS One 2011; 6: e20447).

Антибиотики, активные и неактивные в отношении цитробактера

Антибактериальные средства (из имеющих описание в данном справочнике), активные в отношении цитробактера: ципрофлоксацин, норфлоксацин, офлаксацин. В отношении Citrobacter koseri и Citrobacter freundii активен левофлоксацин.

Цитробактер слабо чувствителен к нифуроксазиду.

Ссылка на основную публикацию
Цистоскоп устройство
С развитием эндоскопической науки в 20 веке появилась возможность визуально оценить внутреннюю анатомию мочевого пузыря, так как были изобретены первые...
Циклодинон с какого дня цикла начинать принимать
Здравствуйте, подскажите, пожалуйста, в какой день цикла начать прием Циклодинона? Прописали ещё Джес, который нужно начать на 3-5 день следующего...
Циклодол какой рецептурный бланк
Вопрос: Каким образом отпускается Циклодол из аптеки? Имеет ли он нормы отпуска?Ответ: Лекарственный препарат Циклодол (Тригексифенидил) является сильнодействующим веществом, поскольку...
Цистоскопия почек
Эндометриоз мочевыводящих путей – редкое заболевание, по данным мировой литературы его распространенность 1–2 % случаев, 90% из этих случаев связаны...
Adblock detector